旅行就這樣開始了

6/9/2011 收到 Jesper 的來信提及這問題：
其中， S_n' 指的是 maximum number of triplets consisted with a level-1 network with n leafs. 



那究竟什麼是 、Triplet 、consisted 、Level-1 network ？

在談這 Phylogenetic network 中的根本問題，我們先來談談對日本的印象。

寄件者 Research

在出發前，我對日本存有著許許多多片段的印象，富士山、花火祭、壽司、拉麵、和服、民族性、新宿、秋葉原等。

一個讓我很想到訪日本的原因，就是想要重組這些片段名詞的關聯係，想要試著了解，原貌到底為何？

但經過了兩個月，你問我日本如何, 我也只能給些片段地描述。諸如:每年夏天各地輪流都有花火大會、夏天的夜裡富士山 是滿滿的人群，新宿則是人潮最多的地方、你大概找不到比東京還要複雜的交通系統。

寄件者 Research

Phylogenetic network 的核心問題也是如此，我們能收集到的也是三個物種之間，親屬遠近的關係。 但就這些片段的資訊，我們能夠重建一個怎樣的全貌呢？

所以我們可以定義如下這兩個名詞：
片段(Triplet)：__________________________
全貌(Level-1 Network)：__________________________

對於這個 Recurrence Relation ，初次看到便覺得其結構太複雜，沒有再去碰他的打算。

若照著正常的劇本來走，或許這個故事就在此終了。但有時一閃的念頭，就會改變很多事。

一個人旅行時，就是如此，常常閃過些往這邊走，或到這邊探訪會是如何的念頭。 於是就突然改變前人的旅遊藍本，再另闢一場新的探險。

寄件者 20110817C 鬼怒川：龍王峽

但不得不承認，這種瞬間閃過的念頭，十次有九次都不會讓行程變得更加順利美好。 可是無法抵抗的是心中常存著這樣的疑惑，若不照著大眾走，那會是如何呢？ 畢竟這才是屬於我的獨特旅行。

轉眼間，離日本的出發日期慢慢逼近，於是在 6/18 便捎信給趙老，想來談談這趟日本行的研究計劃。 趙老在他生日當天仍是不忘信件往返的工作，捎信不久，便又收到回應，敲定 6/21 這天來次行前的討論。

6/20 是容任學長口試，我也一併進入會場前觀摩聆聽。在入場前，趙老便又提起那個 Recurrence Relation ，問我有有何想法? 我說這式子看起來太過複雜了，不太好分析，沒什麼發展的機會。

寄件者 20110603 資工畢典 藝術季遊行

但經趙老這一問，腦中似乎就產生些變化，雙耳聽著容任在台上報告的同時，雙眼則在觀摩這 Recurrence Relation。

稍微想一下，發覺原先太複雜的式子其實可有個簡單的寫法。

你可以看出這兩個的關係嗎？



此時邊品嚐趙老轉贈給我的星巴克拿鐵，邊聽背景播放著容任學長的 LCA 演說，望著這簡單的觀察。 發覺這條路是有機會可以走看看的。